Израильские организации «зеленых» заявляют, что строительство «забора безопасности» наносит беспрецедентный ущерб экологии Израиля. В качестве компенсации они намерены потребовать усиления экологического контроля за землями, находящимися в границах 67-го года. «Зеленые» организовали масштабное обсуждение с участием экологов, специалистов по планированию и военных, на котором было сказано, что основной ущерб природе наносят подготовительные работы, предшествующие возведению забора. Представитель министерства обороны заявил на обсуждении, что количество земель, задействованных для строительства, ненамного превышает количество, которое потребовалось для прокладки трансизраильского шоссе. Представители министерства экологии сообщили, что они уже предприняли ряд мер, чтобы свести к минимуму ущерб, нанесенный строительством окружающей среде, в частности, им удалось в ряде случаев «отвести» строительство от заповедников. Кроме того, по их настоянию военным придется поломать голову, как сделать так, чтобы забор не препятствовал миграции животных, но мешал миграции террористов.