Показ мультфильма в Литве вызвал многочисленные протесты со стороны католиков. Председатель совета епископов страны Сигитас Тамкевичус заявил, что «Город папы» является прямым оскорблением для верующих. В ответ, пресс-секретарь MTV Эма Сегаль выступила с заявлением о том, что мультфильм является лишь «артистической сатирой» и никто не собирается смеяться над богом или религией. Со своей стороны директор литовского MTV, раздосадованный протестами католиков заявил, что «культура Литвы - это больная, полусредневековая-полукоммунистическая культура».