В Вильнюсе впервые открылось израильское посольство. Первым послом стал Амир Маймон. Литва открыла свое посольство в Израиле в 1992 году, - через год после получения независимости. Израиль же ограничился тем, что возложил обязанности представлять свои интересы в Литве на посла в Латвии.
После того, как Литва приравняла коммунизм к нацизму и стала преследовать бывших советских граждан за геноцид, ее отношения с Израилем осложнились. Особенно сложными они стали после того, как в 2008 году Литва начала расследование против трех жертв Холокоста по подозрению в совершении военных преступлений в годы Второй мировой войны. После мировых протестов расследование было прекращено.