Террористические организации давно прибегали к пиратству и морской контрабанде. Однако в последние годы они начали создавать собственные военные флоты и совершать теракты не только на суше и в воздухе, но и на море.
В 1983 году произошел наиболее известный случай такого рода, когда боевики из террористической организации "Фронт Освобождения Палестины"\Palestine Liberation Front захватили итальянский круизный лайнер Achille Lauro. Несколько раз палестинские террористические группировки атаковали Израиль, высаживаясь с катеров. Филиппинская террористическая организация "Абу Сайаф"\Abu Sayaf Group (кстати, ее основатель Абубакар Джаниалани\Abduragak Abubakar Janjalani, как и Бен Ладен воевал с советскими войсками в Афганистане) сделала пиратство одним из главных источников пополнения своей кассы.
Организация "Тигры освобождения Тамил Илам"\Liberation Tigers of Tamil Eelam, действующая в Шри Ланке, имеет свой флот "Морские Тигры", который периодически вступает в настоящие морские сражения с ВМС Шри Ланки. В одном из них, произошедшем в 2001 году, с обоих сторон принимали участие 18 судов, причем шри-ланкийские ВМФ потеряли три современных сторожевых катера.
Организация Бен Ладена "Аль Каеда"\Al Qaeda успешно использовала море для терактов против США. В 2000 году члены "Аль Каеды" приобрели в йеменском порту Аден катер, который намеревались использовать для атаки на американский эсминец The Sullivans. Однако попытка не удалась: взрывчатки оказалось так много, что катер зачерпнул воды и почти затонул. Террористы показали, что умеют учиться на своих ошибках. В том же году, нагруженный взрывчаткой катер протаранил борт эсминца The Cole. Двумя годами позже, другой катер также у побережья Йемена взорвал французский танкер Limburg.
Бен Ладен и многие сочувствующие его идеям бизнесмены владеют собственными пароходствами, которые, в частности, вовлечены в проведение нелегальных торговых операций, служащих источником финансирования террористов. В 1998 году на одном из судов "Аль Каеды" в Африку был доставлен значительный груз взрывчатки, которая была использована для взрыва посольств США в Кении и Танзании. При наличии желания и средств несложно превратить гражданское судно в полувоенное. Бен Ладен распространил заявление, в котором сообщалось, что военно-морской флот "Аль-Каеды" состоит из 20-ти боевых кораблей.
Практика показывает, что военные моряки не в состоянии успешно бороться с террористами. К примеру, в июле 2002 года ВМС США\US Navy начали крупномасштабную акцию по перехвату подозрительных судов в Персидском заливе. Целью были члены "Аль Каеды", выбирающиеся из Афганистана, а также суда, которые, предположительно, мог Использовать Саддам Хуссейн для получения оружия и материалов, необходимых для создания оружия массового уничтожения. Суда США и их союзников остановили более 16 тыс. кораблей и досмотрели примерно 200 из них. Успехи были весьма скромными: были арестованы около 20 человек, подозреваемых в связях с террористами.
Любопытна история одного задержанного судна, на котором переезжали 15 пакистанцев. Судно Sara сменило пять названий за три года. Оно плавало под флагом государства Тонга, но принадлежало гражданину Греции, который управлял судном через компании, зарегистрированные в Румынии и США, а сам постоянно жил в Саудовской Аравии. Расследование показало, что пакистанцы тайно попали на борт Sara в Касабланке (Марокко) - таможенным органам Марокко ничего не было известно о том, что Sara перевозит пассажиров. Капитан взял на борт пассажиров после телефонного звонка судовладельца, приказавшего ему сделать это. У пакистанцев были отобраны фальшивые паспорта, дипломы мореходных школ и подробная карта итальянского побережья.
В 2002 году ЦРУ\CIA выступило с предупреждением, что террористы могут использовать для совершения теракта торговые суда, нагруженные взрывчаткой или отравляющими веществами, которые они могут взорвать в одном из американских портов или вблизи побережья США. Теоретически, подобный теракт совершить несложно: взрыв в оживленном морском порту крупного танкера, груженого бензином, может нанести ущерб, сопоставимый с тем, который нанесли террористы 11 сентября 2001 года.